陈水扁主政下的两岸关系，已将双方神经绷到最极点，战术上实行烽火外交，从一边一国论、防御性公投、终统、正名到入联公投，意图使两岸问题国际化，少了务实考虑，多了理想诉求。结果反使两岸谈判陷入僵局，外交战烽火连天，迫使台湾国际处境更为艰难。
扁提入联公投案，不但让中共气到跳脚，更让美警告台湾“破坏现状”。最后公投结果，美国卸下心中一块大石，北京担忧的因素也减到最少，纷扰多时的入联公投争议，暂时画下休止符。
马英九入主总统府，国民党掌控立法院绝对多数，有利于两岸谈判与对话。至于大陆方面，对台工作八年来受挫连连，早已亟思拉拢台湾民心，可说是“万事皆备，只欠东风”，最后就要看北京会让步到多大程度？
在两岸政治层面上，马英九必须要面对《反分裂国家法》压力，至于连胡公报、宋胡公报只是新闻公报，不具有官方承认的约束效力。马英九当上总统并不是党主席，受两公报牵制的幅度不大，只要处理因应得当仍可将两公报转化为助力。但两岸政治局势复杂考验马胡两领导人的智慧。
但在两岸经贸议题上，开放速度可能会出乎意料地惊人。从陆客观光、客货包机等议题，事务性协商已谈得差不多，关键只有北京是否点头。至于马英九选前抛出“三通直航时间表”，形同跟北京玩心理游戏，如果北京还坚持不放，会让台湾人民质疑胡锦涛“寄希望于台湾人民”的谈话，是否只是一堆空话。
不过，北京对未来的两岸互动仍有其顾虑因素。第一，大陆对马英九还不熟悉，与国民党有接触经验的是联系人马，对马短期内还会“听其言、观其行”。第二是北京要对台湾让到多大地步，是否仅限于经济整合的议题，还是可谈涉及主权，例如两岸和平协议与外交休兵议题。
随着马英九成为新领导人，大陆对台工作小组、台办人事也将陆续拍板。紧绷已久的两岸关系出现转机，可以预见，两岸政经交流的深度、广度、速度都会加遽，如何减低对台湾经济冲击，又如何维持台湾的主体性，这将考验马政府的执政能力