台海两岸分隔近60年互相不承认，至今台湾的居民还不能直接寄信或是直接搭固定航班的飞机到彼岸。马英九相信，现在已到了改变的时机。
马英九的态度是将卸任的陈水扁总统的态度大翻转。民主进步党籍的陈总统在2000年赢得总统选举，是因为支持台湾人民的本土意识日益高涨。民进党执政以来，连台湾学校的课程都由原来专注于中国历史，转变为以台湾为重心。
台湾追求独立的愿景在北京的打压之下，是不可能实现的梦想。陈水扁总统主政之下，台湾的主权问题及认同问题成为最重要的政治议题，甚至在总统大选的同时，还会举行充满争议性的加入联合国公投，这项策略不但令北京恼怒，也令华盛顿不满。
马英九认为，没有必要徒然引起风波。他提出“不独、不统、不武”三不的主张，希望走出陈水扁总统执政期间意识形态挂帅的情况。他认为，没有必要激怒北京，可寻求新的务实方式尽可能改善与中国的关系。
马英九对主权问题的谈话说：“我们可以搁置主权的问题，专注在更迫切重要的事务。”由台湾近年来经济发展的情况来看，当务之急是振兴经济，许多业界人士相信，台湾经济发展的关键也在于两岸间的经贸关系。
马英九希望两岸间能直航及直接贸易，同时台湾能开放让大陆人士前来观光及投资。
其实民进党的总统候选人谢长廷在某些程度上也同意马英九的看法。他也倾向主张增进两岸的经贸关系。如果他当选总统，台湾与中国的关系也会比目前有所改善。不过，谢长廷坚持，在北京不愿以同等地位对待的情况下，基于台湾的利益，应避免与北京谈判。
目前台湾的民调显示，马英九的支持度高过谢长廷10个百分点。不过，报道指出，即使马英九当选总统，要实现改善两岸关系的愿景仍有困难，主要还是要看北京的态度。美国研究中国问题的学者任雪丽认为，台湾的领导人将会考虑做出什么样的让步，也可能愿意做些让步。在这种情况下，北京将被迫要做出决定：底线在哪里？
马英九将面对的另一项问题是台湾人民面对中国的矛盾心态。台湾人民仍普遍忧虑可能被中国掌控，所以，马英九必须谨慎，以免引起反弹。即使一些支持增进两岸关系的人也忧心得到近期的经济利益，却面临逐渐失去自主权的后果。
马英九相信，台湾能够在不伤害到自身利益、尊严及安全的情况下达到两岸的互利。报道指出，如果能如他所言，亚洲的政治版图将从此改观。